Qué tal Nestor--
Sí puedes acceder a los elementos dentro de un GridView. Es relativamente sencillo y de hecho tienes un par de opciones.
Lo que hay que tener en mente es que cuando tienes un control de datos "repetitivo" como un DataGrid, GridView, etc. es que primero tienes que obtener una referencia al renglón donde está tu control.
Por ejemplo, podrías agregar un manejador para el evento clic de tus checkboxes. En ese caso el "sender" sería el renglón en el grid donde está y de ahí solo es cuestión de encontrar el checkbox a partir de ahí.
Sin embargo, por el escenario que pintas, creo que más bien lo que tu quieres es leer todos los checkboxes en todos los renglones del grid (me imagino que cuando le den clic en un botón de guardar o algo así. Para eso necesitas un bucle muy sencillo algo como esto:
GridView grid = this.GridView1 // referencia a tu control GridView
CheckBox checkBox;
foreach(GridViewRow row in grid.Rows)
{
checkBox = (CheckBox) row.FindControl("CheckBox1");
if(checkBox.Checked) { // hacer algo }
}
Espero te ayude